기업부설연구소 혜택부터 사후관리까지 A부터Z

현 시점 우리 기업들이 가장 많이 관심을 가지고 있는 부분은 ‘정부 세제 지원혜택 / 정부 지원자금 / 폐업’ 이 아닐까 싶다. 이 중에서 정부 세제 지원혜택에 관련한 기업부설연구소 이야기를 하고자 한다.

기업부설연구소는 아래와 같은 지원 혜택을 준다.

– 연구 및 인력 개발비에 대한 세액공제

– 연구 및 인력 개발을 위한 설비 투자에 대한 세액공제

– 기업부설연구소 용도의 부동산에 대한 지방세 면제 등의 조세지원혜택

– 산업 기술 연구 및 개발용품의 경우, 연구 목적 수입 시 80%의 관세 감면 혜택

– 중소기업 기술신용보증 특례 등 자금 지원 혜택

이 중 가장 많은 관심을 받고 있는 지원혜택은 바로 ‘연구 및 인력개발비 25% 세액공제’ 으로 매년 인건비의 25%를 세액공제 해주고 있는 혜택이다.

그런데 올 2020년도에 기업부설연구소 관련 조세특례제한법이 개정되며 그 동안 받은 세액공제 혜택을 징수 당하거나 기업부설연구소 인증을 취소 당하는 사례가 아주 많이 생겨나고 있다고 한다.

과연 어떠한 일들이 일어나고 있는 걸까?

최근 택스리턴컴퍼니 Y전문가는 경기도에 위치한 화장품 제조 및 유통업을 영위하고 있는 N 기업의 김 대표님을 만났다.

– N 기업은 회사 전체인원 7명 중 5명을 연구원으로 등록하여, 기업부설연구소를 설립하였다가 연구소 인증 자진 취소를 진행한 상태.

– 연구소가 설립 직후 현장실사를 2번이나 받았었고, 같은 해에 국세청 세무조사도 받음.

– 이에 관리에 어려움을 느꼈던 차에 최근 조세특례제한법의 변경까지 겹치며 결국 자진취소 신청을 함.

김  대표님께서는 연구인력개발비 세액공제 25%와 다양한 정책지원을 받기 위해, 다시금 기업부설연구소 설립을 원하시는 상황.

기존에는 인정 취소일부터 세액공제 배제만 당하면 끝이였으나, 올해 조세특례제한법 개정이 되고난 후 이제부터는 기존과 같이 허술하지도 만만하지도 않다. 거짓 또는 부정한 방법으로 인정 받은 사항이 적발될 시, 부설연구소로 인정된 첫 해년부터 현재시점까지 받은 모든 혜택을 환수하겠다는 것이다.

[조특령 시행령 9조 16항] (20.01.01 적용)

– 거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터 공제세액 배제

– 인정기준 및 준수사항을 위반한 경우 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일 공제세액 배제

– 기업이 인정취소를 요청하는 경우 인정취소일부터 공제세액 배제

N기업은 화장품 관련 스타트업으로 제조는 전문업체에 맡기고 기업은 제품개발과 마케팅 및 판매관리에 주력하고 있었다. 경쟁업체와의 차별화로 디자인 인력의 비율이 높았고, 연구소 설립을 위해 요강을 꼼꼼히 읽어보고 연구소인정단과 전화통화까지 주고받으며 자체적으로 연구소를 설립한  N기업이었다. 연구소 승인 직후 사전 통보 없이 현장실사를 받게되었고, 연구소 승인시에 문제 없었던 내부 창고에 대한 사용금지를 조치를 받게 되었다. 기업에서는 창고를 폐쇄한 후 보완사항을 접수하였고 직후 다시 한번 현장실사가 나와 결국 관리를 포기하고 자진 취소하게 되었던 것이다.

과연 무엇이 문제점이었을까?

자체적으로 기업부설연구소를 설립하는 기업에서는 본인들이 판단하기에 놓치는 부분없이 꼼꼼히 설립을 완료하였다고 생각한다. 그 이유로는 기업에서는 인적요건과 물적요건을 충분히 충족하였다고 생각하고 기업부설연구소 인증서까지 문제없이 나왔다고 생각하기 때문이다. 그러나 연구소 인정단이나 과세관청의 점검을 받고 나서야 ‘이론’과 운영상 ‘실제’의 차이를 체감하게 된다. 그래서 연구소 설립과 사후관리에 경험이 풍부한 전문업체의 자문을 받아야 하는 이유다. 추가로 올해부터는 관련세법이 개정되어 더욱 꼼꼼한 사후관리가 필수적이 되어버렸기 때문이다.

택스리턴컴퍼니의 Y전문가는 우선, 기업 내부 현황부터 체크 후 새로 설립하는 방안을 고안하기로 하여

첫 번째, 관리인력과 연구인력의 명확한 구분을 하는 것이 필요하다고 느꼈었으며, 두 번째, 연구공간과 공용공간의 분리의 필요성을 느꼈다. 그리고 세 번째, 개정세법에 맞춘 연구소 사후관리가 반드시 필요하다고 느껴 이에 따라 아래와 같이 전략을 세웠다.

ㆍ사옥이전에 따른 공간과 인원 확보 후 연구소 재설립 진행.

ㆍ지원부서, 영업부서, 마케팅부서 등 관리인력과 연구원의 명확한 R&R 규정.

ㆍ최초 연구소 운영시부터 개정세법에 맞춘 연구소 관리와 연구개발 증빙자료 작성토록 자문.

우선 N 기업은 이른 시일내 사옥 이전 계획이 있어 이전하는 건물의 연구공간에 대한 레이아웃을 별도로 배정토록 자문하였다. 또한 재직인원의 R&R을 모두 검토하여 연구에 필수적인 인력만 배치하고 관리, 개발, 영업, 홍보 등의 지원인력을 체계적으로 정비하였고, 연구소를 통한 정부지원R&D사업까지 준비중인 N 기업은 현재 연구소 설립을 말끔히 완료하여, 관리까지 택스리턴컴퍼니에 위탁하여 걱정거리 없이 더욱 자신 있게 사업을 키워가고 있는 상황이다.

기업부설연구소 상담신청 대표전화 : 1644-9391

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